На что указывает

При произношении слов с гласными И, Ы, которые стоят после непарной твердой согласной Ц, всегда слышится звук Ы. Написание этих гласных оговорено орфографическими правилами орфограммы № 15, так как зачастую вызывает сомнения при их выборе.

Орфограмма № 15 — это буквы И и Ы после Ц в корне, суффиксе, окончании слов и в словах, оканчивающихся на -ЦИЯ.

Как видите, написание этих гласных зависит от того, в какой морфеме (корне, суффиксе или окончании) находится данная орфограмма.

Правило орфограммы

Орфографическое правило данной орфограммы включает 4 пункта.

В корнях слов после Ц пишется гласная И, за исключением слов: цыган, цыпленок, на цыпочках, цыц.
Гласная И пишется в словах иностранного происхождения, которые оканчиваются на -ЦИЯ.
В окончаниях имен существительных и прилагательных после Ц пишем букву Ы.
Букву Ы после Ц пишем в суффиксах притяжательных прилагательных.

Приведем примеры отдельно по каждому пункту.

Примеры

Гласная И после Ц в корне слов

✓ Цинк, цирк, сцинк, цинга, цикада, цианид, циклон, циклоп, цимбалы, цитрус, циклон, цитата, люцифер, цилиндр, аукцион, цикорий, бацилла, децибел, панцирь, рецидив, инициалы, циркуль, цистерна, цифра, инцидент, пацифист, официант, цитадель, циновка, цитрамон, цикл, плоскогубцы.

И после Ц в иностранных словах на -ЦИЯ

✓ Нация, акция, унция, акация, порция, секция, фракция, облигация, мотивация, эмоция, лекция, грация, локация, ротация, санкция, мутация, петиция, позиция, экзекуция, амбиция, традиция, авиация, юстиция, вибрация, сенсация, селекция, радиация, композиция, вариация, фиксация, коммерция, эволюция, градация, инфляция, инфекция, инъекция, протекция, эрудиция, консультация.

Ы в окончаниях

✓ Зайцы, куцый, шлицы, щипцы, квасцы, пяльцы, бубенцы, голубцы, огурцы, ножницы, ресницы, индейцы, близнецы, рукавицы, шлепанцы, белолицый, частицы, страницы, сестрицы, спицы, бойницы, границы.